Regionen har en imponerende historie bag sig. Apulien var i lang tid underlagt græsk dominans men blev senere afløst af Romernes dominans. Da Romerriget i sin tid blev delt i to i henholdsvis et vestromersk og østromersk rige kom Apulien under østromersk dominans som også er kendt som det Byzantinske rige.
Den Byzantinske periode var dog præget af en vis tumult blandt andet på grund af de konstante lombardiske invasioner som senere blev afløst af de normanniske fyrster, heriblandt den nok så berømte Robert Guiscard.
Normannerne udrev det Byzantinske styre og underlagde sig ikke kun Apulien men stort set hele Syditalien inklusiv
Sicilien. Efter normannerne overtog den tyskromerske kejser Frederik II magten over Apulien. Frederik har efterladt en del mindesmærker i Apulien, hvor han yndede at gå på jagt, heriblandt
Castel del Monte.
Senere hen blev Apulien underlagt spansk overherredømme og senere fransk dominans for endeligt at blive en del af det samlede Italien.
